微少残存病変（MRD）〈注１〉の導入。
治療後１ヶ月の検体でMRD陽性　→生存率約５０％

　〃　　３ヶ月の検体でMRD陽性　→生存率０％

以上のことから、MRD陽性の場合は一つ上のリスクの治療を行うことになった。
それにより、８７〜８８％の人が再発せずに寛解状態を保っている。
〈注１〉 MRD：最も強力な予後因子。MRD陽性の場合、再発率が高い。しかし、中にはMRD対象外の人もいる（約１５％）。

■国際基準対応のリスク分類に変更。

■MRDの継続。MRD陽性の場合、（再発率が高いので）通常の治療に加えてサルベージ治療を行う。

■厳密な治療研究システムの導入。（担当医師のさじ加減一つで治療が変わってしまい、それにより治療成績に格差が生じる、といったことなどをなくすため。）
具体的な例：抗がん剤を減量する場合、それまではどのくらいの量を減量するかはそれぞれの医師に決定が委ねられていたが、これまでの研究に基づき、発症年齢や症状等に応じて、明確に○ｇ減量、という指標が作られた。また、２００４プロトコールから、どのリスクにおいても移植は再発時にのみ行うことになった。
■LRおよびHR→MRD陽性の場合、リスクを上げただけでは再発率が高かったため、２００４年よりサルベージ治療を開始。